40Od marca 1941 r. do stycznia 1945 r. eksperymenty sterylizacyjne prowadzono w Oświęcimiu i innych obozach. Ich celem było opracowanie metod, które umożliwiłyby ubezpłodnienie jak największej ilości ludzi w jak najkrótszym czasie a także jak najmniejszym kosztem. Wyzwolenie obozu w Oświęcimiu ujawniło niewyobrażalne okrucieństwo eksperymentów lekarzy. Ludzie na których dokonywano eksperymentów byli kastrowani, głodzeni a także zarażani śmiertelnymi wirusami. Wśród ofiar było wiele kobiet, którym wstrzykiwano środki żrące do macicy lub dróg rodnych. W ten sposób szukano szybszych metod sterylizacji, które zastąpiłyby długie i kosztowne operacje chirurgiczne. Himler miał w swych planach wysterylizowanie ponad 30 mln Słowian. Brandt był zwolennikiem eutanazji, jak i wielu niemieckich lekarzy. Uważał, że śmierć jest jedynym sposobem na uwolnienie nieuleczalnie chorych od cierpienia. Zaangażował się w coś, co można by nazwać „misją humanitarną”. Jako osobisty lekarz Hitlera, otrzymywał również wyjątkowo delikatne i dyskretne zadania do wykonania. W jednym ze szpitali klinicznych urodziło się dziecko zupełnie niewidome, bez jednej ręki i nogi. Rodzice napisali do Hitlera prośbę o zgodę na eutanazję. W celu sprawdzenia wiarygodności i podjęciu decyzji został wysłany właśnie Brandt. To uznaje się za początek aprobaty eutanazji przez Hitlera. Przypadek zgody Hitlera na uśmiercenie nowo narodzonego dziecka zapoczątkował eutanazję zarówno dzieci jak i dorosłych. W dalszej części kancelaria Hitlera stała się centrum planowania eutanazji. W późniejszym czasie Hitler zlecił Brandtowi nadzorowanie eutanazji. Program ten był ściśle chroniony przed społeczeństwem. Równocześnie rozpoczęto propagandę w celu zdobycia zwolenników tych działań, poprzez pokazywanie najbardziej skrajnych przypadków twierdząc, że śmierć będzie dla nich jedynym możliwym ulżeniem cierpień jakich doznają. Chcieli pokazać, że niemieckie kliniki i szpitale przepełnione są nieuleczalnie chorymi. W produkcjach filmów uczestniczyli lekarze, którzy mieli na celu pozbyć się ze szpitali balastu w postaci tych chorych. Chorych z deformacjami fizycznymi zwożono z całych Niemiec do tak zwanych ośrodków dla umierających. Ich śmierć została odroczona do momentu odjazdu ekipy filmowej. Filmowcy stosowali proste sztuczki z oświetleniem, aby zmienić bezbronnych pacjentów w demony. Film spodobał się zleceniodawcom, jednak Hitler nie pozwolił na jego rozpowszechnianie, być może z obawy, że wzbudzi współczucie społeczeństwa. Eksterminacja niepełnosprawnych rozpoczęła się w 1939 r. i prowadzona była w ścisłej tajemnicy. Każdy, kto został uznany za osobę nieużyteczną trafiał na listę przeznaczonych do eksterminacji.